Categoría: Estudios y proyectos

Clasificador transcriptómico y epigenómicomico integrador de los subtipos moleculares de glioblastoma

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El Grupo Cancer Epigenetics Laboratory at the Cancer Cell Biology del Instituto de Investigación Sanitaria Illes Balears (IdISBa) han publicado un estudio sobre un clasificador transcriptómico y epigenómicomico integrador de los subtipos moleculares de glioblastoma.

Miquel Ensenyat-Mendez, Sandra Íñiguez-Muñoz, Borja Sesé i Diego Marzese, investigadores del IdISBa, han participado en la publicación del artículo con el título "iGlioSub: an integrative transcriptomic and epigenomic classifier for glioblastoma molecular subtypes" en la revista BioData Mining.

12368El glioblastoma (GBM) es el tumor cerebral primario más agresivo y prevalente, con una supervivencia media de quince meses. Los avances en perfiles multimétricos, combinado con el uso de algoritmos computacionales, han revelado la existencia de tres subtipos moleculares de GBM con relevancia clínica (clásico, mesenquimal y proneural). A pesar de esto, a causa del elevado coste de las técnicas de secuenciación masiva, los pacientes de GBM no se clasifican en estos subtipos en entornos clínicos.

Utilizando herramientas de Machine Learning, o Aprendizaje Automático, se construyeron clasificadores que combinan datos de expresión génica y de metilación del ADN. Se utilizaron perfiles de transcriptoma (expresión génica) y epigenoma (metilación del ADN) de más de 300 pacientes con GBM del Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA), el recurso del cultivo de células de glioblastoma humano (HGCC) y otras bases de datos disponibles públicamente. Este clasificador, denominado iGlioSub (integrative Glioblastoma Subtype classifier) proporciona la base para diseñar estrategias económicas para estratificar a los pacientes con GBM en los laboratorios de patología de rutina para los ensayos clínicos, lo que puede acelerar significativamente el descubrimiento de terapias específicas para cada subtipo de GBM, consiguiendo así tratamientos más eficaces para cada grupo de pacientes.

Referencia del artículo
Ensenyat-Mendez M, Íñiguez-Muñoz S, Sesé B, Marzese DM. iGlioSub: an integrative transcriptomic and epigenomic classifier for glioblastoma molecular subtypes. BioData Min. 2021;14(1):42. doi: 10.1186/s13040-021-00273-8. PubMed PMID: 34425860.

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[Foto: Mikael Häggström / Histology specimen of a glioblastoma showing abundant mitotic activity of the tumor cells (HE stain) / CC BY-SA 3.0]

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