El Servei de Microbiologia de l'Hospital Universitari Son Espases, i l'Institut de Recerca Sanitària Illes Balears (IdISBa) han publicat un estudi sobre Pa REx: una cadena de codi obert per a l'anàlisi automatitzada de resistomes de Pseudomonas aeruginosa a partir de seqüències de genoma complet.
Carla López-Causapé
, Biel Taltavull, Miquel A. Sastre-Femenía, Sara Cortés-Lara, María A Gomis-Font, Fernando Gomez-Romano i Antonio Oliver, microbiòlegs de l'Hospital Universitari Son Espases i investigadors de l'IdISBa; i Paola Medina-Retiga, microbiòloga de l'Hospital Universitari Son Espases; han publicat l'article amb el títol "PaREx: an open-source pipeline for the automated analysis of Pseudomonas aeruginosa resistomes from whole-genome sequences" a la revista Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
La seqüenciació del genoma complet (WGS) s'ha convertit en una eina valuosa per a la tipificació bacteriana i l'anàlisi de resistòmes. Tanmateix, la majoria de les bases de dades de resistència als antibiòtics i les eines bioinformàtiques existents no són útils per a la creació de perfils de resistòmes de P. aeruginosa, ja que no aconsegueixen detectar mecanismes de resistència als antibiòtics impulsats per mutacions.
A més, la creixent diversitat de variants d'AmpC (cefalosporinases derivades de Pseudomonas [PDC]) en els darrers anys afegeix complexitat a la creació de perfils de resistòmes de P. aeruginosa.
Per abordar aquests reptes, hem desenvolupat PaREx, un pipeline automatitzat de codi obert dissenyat específicament per a l'anàlisi de resistòmes impulsats per mutacions (221 gens cromosòmics) i adquirits horitzontalment de P. aeruginosa a partir de seqüències del genoma complet, juntament amb l'eina web PDC analyzer, una plataforma fàcil d'utilitzar que designa les PDC i detecta la resistència a noves β-lactames antipseudomonals.
La utilitat de Pseudomonas aeruginosa Resistome Explorer (PaREx) es va demostrar mitjançant l'anàlisi de 260 aïllats de P. aeruginosa, utilitzant el seu resultat per calcular cinc puntuacions de resistència genotípica prèviament definides, aconseguint resultats comparables als de l'anàlisi bioinformàtica manual.
De la mateixa manera, l'eina web d'anàlisi PDC es va validar amb més de 30.000 genomes globals de P. aeruginosa, demostrant la seva utilitat per a la designació de PDC i la detecció de mutacions que confereixen resistència a noves BL/BLI.
Tant PaREx com l'eina web d'anàlisi PDC van demostrar ser eines fàcils d'utilitzar, precises i automatitzades per a la creació de perfils de resistòmes en P. aeruginosa, millorant les capacitats actuals de les eines existents. Tanmateix, cal un perfeccionament continu d'aquestes eines i de les seves bases de dades personalitzades per abordar les llacunes restants i els reptes futurs de la predicció de resistència basada en seqüències de genoma complet.
Referència de l'article
López-Causapé C, Bonet M, Taltavull B, Medina-Retiga P, Sastre-Femenía MA, Cortés-Lara S, et al. Pa REx: an open-source pipeline for the automated analysis of Pseudomonas aeruginosa resistomes from whole-genome sequences. Poirel L, editor. Antimicrob Agents Chemother. 2026 Mar 16. doi: 10.1128/aac.01326-25. PubMed PMID: 41837617.Enllaços Bibliosalut |
Text completMètriques
| Consulteu cites en Web of Science | ||
 Altmetric |
[Font: Bibliosalut]
[Foto: Imatge creada amb Nano Banana. CC BY]
