Alineament de les xarxes d'interacció proteïna-proteïna

Adrià Alcalá, Ricardo Alberich, Mercè Llabrés i Francesc Rosselló, investigadors de l'IdISBa, han publicat l'article amb el títol "AligNet: alignment of protein-protein interaction networks" a la revista BMC Bioinformatics.

Totes les funcions moleculars i processos biològics es duen a terme per grups de proteïnes que interactuen les unes amb les altres. Les dades de metaproteòmica generen contínuament noves proteïnes de les quals s'han de trobar les seves funcions i relacions. Una estructura amplament acceptada del model de les relacions funcionals entre proteïnes són les xarxes d'interaccions proteïna-proteïna (PPIN). L'anàlisi i alineament d'aquestes xarxes s'ha convertit en un ingredient clau en l'estudi i predicció d'interaccions proteïna-proteïna, de la funció de les proteïnes i dels complexos de proteïnes evolutivament conservats. Obtenir un alineador que proporcioni un bon equilibri entre la similitud topològica i la similitud funcional de les xarxes a comparar és un dels punts clau i més difícils en el disseny de qualsevol algoritme d'alineament de xarxes PPIN. Motivats pel repte d'obtenir un alineador que proporcioni aquest equilibri, s'ha dissenyat i implementat AligNet. Els diferents tests duits a terme per tal d'avaluar AligNet i comparar-ne els resultats obtinguts amb els dels millors alineadors mostren que, efectivament, AligNet aconsegueix un bon equilibri entre la similitud topològica i funcional de les xarxes alineades i, que en aquest sentit, obté millors resultats que els altres alineadors considerats. A més, AligNet és també més eficient des del punt de vista computacional.

Referència de l'article

Alcalá A, Alberich R, Llabrés M, Rosselló F, Valiente G. AligNet: alignment of protein-protein interaction networks. BMC Bioinformatics. 2020;21(Suppl 6):265. doi: 10.1186/s12859-020-3502-1. PubMed PMID: 33203353.

Enllaços Bibliosalut | Altmetric

[Font: Bibliosalut]

[Foto: Polina Tankilevitch / Laboratorio / Pexels License]