Categoria: Estudis i projectes

Alineament de les xarxes d'interacció proteïna-proteïna

Tipografia
  • Més petit Petit Mitjà Gran Més gran
  • Per defecte Helvetica Segoe Georgia Times

L'Institut d'Investigació Sanitària Illes Balears (IdISBa) junt amb la Universitat de les Illes Balears han publicat un article sobre l'alineament de les xarxes d'interacció proteïna-proteïna.

Adrià Alcalá, Ricardo Alberich, Mercè Llabrés i Francesc Rosselló, investigadors de l'IdISBa, han publicat l'article amb el títol "AligNet: alignment of protein-protein interaction networks" a la revista BMC Bioinformatics.

Pipeline de l'algoritme AligNetTotes les funcions moleculars i processos biològics es duen a terme per grups de proteïnes que interactuen les unes amb les altres. Les dades de metaproteòmica generen contínuament noves proteïnes de les quals s'han de trobar les seves funcions i relacions. Una estructura amplament acceptada del model de les relacions funcionals entre proteïnes són les xarxes d'interaccions proteïna-proteïna (PPIN). L'anàlisi i alineament d'aquestes xarxes s'ha convertit en un ingredient clau en l'estudi i predicció d'interaccions proteïna-proteïna, de la funció de les proteïnes i dels complexos de proteïnes evolutivament conservats. Obtenir un alineador que proporcioni un bon equilibri entre la similitud topològica i la similitud funcional de les xarxes a comparar és un dels punts clau i més difícils en el disseny de qualsevol algoritme d'alineament de xarxes PPIN. Motivats pel repte d'obtenir un alineador que proporcioni aquest equilibri, s'ha dissenyat i implementat AligNet. Els diferents tests duits a terme per tal d'avaluar AligNet i comparar-ne els resultats obtinguts amb els dels millors alineadors mostren que, efectivament, AligNet aconsegueix un bon equilibri entre la similitud topològica i funcional de les xarxes alineades i, que en aquest sentit, obté millors resultats que els altres alineadors considerats. A més, AligNet és també més eficient des del punt de vista computacional.

Referència de l'article
Alcalá A, Alberich R, Llabrés M, Rosselló F, Valiente G. AligNet: alignment of protein-protein interaction networks. BMC Bioinformatics. 2020;21(Suppl 6):265. doi: 10.1186/s12859-020-3502-1. PubMed PMID: 33203353.

Enllaços Bibliosalut | AltmetricAltmetric

[Font: Bibliosalut]

[Foto: Polina Tankilevitch / Laboratorio / Pexels License]