El Servei de Microbiologia de l'Hospital Universitari Son Espases i l'Institut d'Investigació Sanitària Illes Balears (IdISBa) han participat en la publicació d'un article sobre el paper de la seqüenciació del genoma complet (WGS) en les proves de susceptibilitat antimicrobiana (AST).
Carla López-Causapé
i Antonio Oliver, microbiòlegs de l'Hospital Universitari Son Espases, han participat en la publicació de l'article amb el títol "The role of whole genome sequencing in antimicrobial susceptibility prediction of bacteria: 2025 update from the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing Subcommittee" a la revista Clinical Microbiology and Infection.
L'informe del subcomitè del Comitè Europeu sobre Proves de Susceptibilitat Antimicrobiana (EUCAST) del 2017 sobre el paper de la seqüenciació del genoma complet (WGS) en les proves de susceptibilitat antimicrobiana (AST) va concloure que la predicció de susceptibilitat antimicrobiana per WGS (WGS-ASP) no era una alternativa prou robusta a l'AST per guiar la presa de decisions clíniques en aquella etapa i que es necessitaven més proves [1]. Des de llavors, l'ús de WGS, eines bioinformàtiques, aprenentatge automàtic (ML)/intel·ligència artificial (IA), bases de dades i enfocaments de predicció s'ha expandit enormement, juntament amb un major coneixement dels mecanismes de resistència i la seva contribució a la susceptibilitat antimicrobiana. En resposta, el 2024 es va establir un nou subcomitè ad hoc de l'EUCAST per revisar la literatura, amb l'objectiu d'avaluar el potencial i les limitacions actuals del WGS-ASP.
S'han aconseguit progressos significatius en el WGS-ASP, amb proves creixents que donen suport a la seva capacitat per distingir els aïllats de tipus salvatge dels que no ho són i, en conseqüència, susceptibles de les soques resistents, especialment per a M. tuberculosis i quan els punts de tall clínics s'alineen amb el tall epidemiològic (ECOFF). Malgrat aquests avenços, encara hi ha reptes importants abans que el WGS-ASP es pugui adoptar com a eina de presa de decisions clíniques. Per abordar aquestes llacunes caldrà una vigilància fenotípica i genotípica integrada per enfortir la base de proves de mecanismes de resistència complexos i agents antimicrobians més nous, juntament amb avaluacions comparatives que tinguin en compte tant els punts de tall ECOFF com els clínics. Les anàlisis requeriran AST fenotípica del mètode de referència i dades genòmiques d'alta qualitat. És fonamental garantir que els conjunts de dades reflecteixin les poblacions diana i abastin tot l'espectre de susceptibilitat antimicrobiana, alhora que es desenvolupen marcs d'interpretació unificats i eines bioinformàtiques harmonitzades per estandarditzar els resultats. Els esquemes robustos d'avaluació de la qualitat externa seran essencials per a la validació clínica, i les tecnologies emergents com la IA i l'aprenentatge automàtic ofereixen vies prometedores per millorar la precisió predictiva. Finalment, les millores en el cost i el temps de resposta, juntament amb les avaluacions de la relació cost-efectivitat específica de cada entorn, seran clau per permetre la implementació pràctica del WGS-ASP.
Referència de l'article
Samuelsen Ø, López-Causapé C, Aarestrup FM, Bortolaia V, Brouwer MSM, Cantón R, et al. The role of whole genome sequencing in antimicrobial susceptibility prediction of bacteria: 2025 update from the EUCAST Subcommittee. Clin Microbiol Infect. 2026 May;32(7S):S1–34. doi: 10.1016/j.cmi.2026.05.012. PubMed PMID: 42142806.Enllaços Bibliosalut | Text complet
Mètriques
 Altmetric |
[Font: Bibliosalut]
[Foto: Universitat de les Illes Balears]
